Das Vilstal ist uralter Kulturboden. Erste Spuren menschlichen Lebens gehen in diesem Flusstal auf die Eiszeit zurück. Die Besiedlung unserer Gegend erfolgte sicher schon in der jüngeren Steinzeit, welche um 2000 v. Chr. endete und allmählich in die Bronzezeit, den ersten Abschnitt der Metallzeit nach der prähistorischen Geschichtseinteilung, überging. Nach den Kelten, die dieses Gebiet längere Zeit besiedelten und dem Flusse Filusa (Vils) seinen Namen gaben, und den darauffolgenden Römern machte sich um 500 n. Chr. der germanische Stamm der Bajuwaren hier sesshaft. Das Gebiet der Vils im Raum Frontenhausen-Vilshofen kam unter den Machtbereich der Frozze, einer Dynastienfamilie neben den Agilolfingern, die sich in der Gegend von Regensburg ansässig gemacht hatte.
Die Endsilbe des Ortsnamens ...kofen verrät, dass die Gründungszeit Marklkofens zwischen 600 bis 800 n. Chr. fällt. Zum erstenmal treffen wir den Namen "Marchiluhoven" in der Chronik des Klosters Baumburg (Chiemgau) aus dem Jahre 1150. Der erste Ministeriale hieß wohl Marchilo. Er gab der Sitte gemäß seinen Namen der Siedlung. In der Folgezeit wechselte Marklkofen oft seinen Herrn - mal war es bischöflich (Regensburg), mal herzoglich.
Im 13. Jahrhundert erreichten in Marklkofen die Herren von Poxau großen Einfluss, die reiche Beziehungen zum herzoglichen Hof in Landshut hatten. In etwa dieser Zeit entwickelte sich der Ort zu einer Hofmark, d. h. ein mit der niederen Gerichtsbarkeit ausgestattetes Besitztum. Die ausübenden Richter erhielten das Recht zum Bau eines eigenen Sitzes am Ort. Einer dieser Sitze war das Wasserschloss (später Imslandschloss) an der Vils, im Bereich des heutigen Gasthauses "Fischerwirt" sowie des Anwesens Horn und des Kindergartens. Es handelte sich um den niederen Sitz. Dazu kam der obere Sitz, das sog. Thurmschloss (im Bereich der heutigen Anwesen Durmaier, vorm. Ernst, Haslbeck, Appinger und Stegmühle). Es gehörte einem Heinrich dem Poxauer.
Die Poxauer saßen somit auf beiden Schlössern und leiteten gegen 200 Jahre, von 1293 - 1488 das Geschick der Bewohner Marklkofens. Das Stammschloss der Poxauer befand sich seit uralter Zeit im Nachbarort Poxau. Sein früherer Besitzer Karl Graf von Alt- und Neufraunhofen widmete es 1867 der Kongregation der Armen Schulschwestern aus München. Diese betrieben eine Hauswirtschaftsschule. 2006 ging die Ära des Klosters zu Ende. Das Gebäude mit seinen 365 Fenstern wird jetzt von der Familie "von Merode" genutzt.
Das Wappen der Poxauer war ein springender Bock. Übrigens wurde dieses als Brunnenfigur auf dem Trinkbrunnen vor dem Rathaus verewigt. Nach den Poxauern kamen die Geschlechter der Frauenberger, Kluegheimer und Eckher. Als ein Hans Eckher 1539 starb, vermachte er sein Besitztum in Marklkofen seinem Schwager Veit Zachreis. Veit Zachreis war vorher Kastner in Teispach (Teisbach) gewesen und verwaltete die Ämter in Reisbach.
Wie die Poxauer Linie, so baute sich auch die reiche Veit-Linie in Marklkofen einen Edelsitz. Die Herren aus dem Geschlecht der Zachreis von der Lieb bauten ihr Schloss an der Straße nach Reisbach, etwa im Gebiet des heutigen Pfarrhofs. Die Zachreisen als Hofmarksherren waren stets um das Wohl der Einwohner und vor allem der Kirche bemüht, lebten mit der Kirche und teilten ihre Sorgen und Nöte, als es in der Reformationszeit und im 30jährigen Krieg galt, Glaube und Heimat zu verteidigen. Viele dieser Adligen liegen in der Marklkofener Pfarrkirche begraben. Zahlreiche prachtvolle Grabdenkmäler zeugen von ihrem Reichtum.
Ein weiteres Schloss stand in Warth. Zum ersten Mal urkundlich erwähnt wird es im Jahr 961 durch den Ritter Leonhart Wartter von der Wartt. Das Stammschloss der Wartter dürfte jedoch schon früher gebaut worden sein, vermutlich bereits im 8. Jahrhundert. Eine genaue Jahreszahl ist nicht feststellbar. Im Jahre 1200 ging sogar der Markt Reisbach in den Besitz der Wartter zu Wartt über. Die Wartter waren ein reiches Adelsgeschlecht. Sie nannten u. a. auch 250 Jahre (1336 - 1583) das Schloss Steinach mit verschiedenen Gütern ihr Eigen. In dieser Zeit gehörte auch ein großes Stadthaus in der Burggasse der Stadt Straubing zu ihrem Eigentum. Dieses Haus ging später in den Besitz des Ursulinenklosters Straubing über.
Der 30jährige Krieg hatte Bayern und das hiesige Gebiet schwer heimgesucht. Hungersnot, Seuchen, Plünderungen und Totschlag hinterließen deutliche Spuren. Aber das Aufblühen der Gemeinde nach Beendigung dieses Krieges verdankt man in erster Linie der Arbeitsamkeit und dem Fleiß der Bauern und Gewerbetreibenden, also der kleinen, nichtadligen Leute. In dieser Zeit erwarben zwei neue Geschlechter die Hofmarksgerechtigkeit, die Mächtlinger und die Fraunhofer. Unter ihnen, teils aus reichen Bürgerfamilien abstammend, hatte Marklkofen eine ruhige Entwicklung. Zeit zum Aufbau von Wohlstand und Reichtum.
Es wirft sich nun die Frage auf, wo diese 4 Schlösser (Apian und manche heimatkundliche Quellen berichten noch von einem Schloss oder Taverne auf dem Grund des heutigen Metzgerwirtes, jetzt griechisches Lokal) geblieben sind.
Die Aufhebung der Leibeigenschaft, der Einfluss der französischen Revolution ließen die Macht, den Reichtum und Glanz des Landadels verschwinden. Das 19. Jahrhundert hat mit dem Landadel aufgeräumt und auch im mittleren Vilstal sämtliche Edelsitze zum Abbruch gebracht. Die Liegenschaften wurden an bürgerliche Interessenten verkauft.
Die Bürger, Bauern, Handel und Gewerbe bestimmten nun den Aufschwung des Ortes. Im 18. und 19. Jahrhundert kommen im Ort nachweislich folgende Gewerbe vor: Müller, Fischer, Hufschmidt, Pader, Binder, Bäcker, Cramhandler, Würth, Zimmermann, Jäger, Weber, Metzger, Hafner. Einige der genannten Gewerbe sind infolge der Industrialisierung und Technisierung seit Anfang des 20. Jahrhunderts verschwunden, andere haben sich den neuzeitlichen Erfordernissen angepasst.
Bedingt durch seine Lage an der Staatsstraße 2083 und durch den Bau einer Bahnlinie mit eigener Bahnstation 1872 - 1875 machte sich Anfang des Jahrhunderts auch die Industrie im Ort ansässig. Ein Dach- und Tonziegelwerk, Teigwaren- und Nudelfabrik und seit Anfang der 60er Jahre das Filterwerk Mann & Hummel sowie vorübergehend die Filiale eines namhaften Lederbetriebes zeugten vom wirtschaftlichen Aufschwung der Gemeinde.
Zahlreiche Mühlen entlang der Vils, Baufirmen und Schreinereien, Lagerhäuser, Kfz- und Landmaschinenwerkstätten, Metzger- und Bäckereien, Gastwirtschaften und Bankinstitute bereichern die wirtschaftliche Struktur der Gemeinde.
Leider wurde die Bahnlinie in Richtung Mamming-Landau 1969 stillgelegt und Anfang der 70er Jahre aus wirtschaftlichen Gründen (Unrentabilität, Baufälligkeit der Eisenbrücken) völlig aufgelassen. Gleise und Brücken wurden abgebaut; der Bahndamm teilweise abgetragen. Kurz darauf wurde auch noch der Personenverkehr in die entgegengesetzte Richtung, nämlich über Gangkofen nach Neumarkt-St.Veit aus den gleichen Überlegungen eingestellt. Anfang 2001 wurde die Bahnlinie, auf der noch bis 2017 der Güterverkehr der Fa. Mann & Hummel, des Lagerhauses Heigl und der Müllumladestation abgewickelt wurde, aus wirtschaftlichen Gründen stillgelegt. Man hat der Sache dann auch eine gute Seite abgewonnen. Die Gemeinde erwarb von der Deutschen Bundesbahn kurzerhand das aufgelassene Bahnhofsgebäude und gestaltete es in ein Vereinsheim um, in dem heute der Spielmannszug sowie die Freiwillige Feuerwehr eine feste Bleibe gefunden haben.
Nach einer erfolgten Bürgerabstimmung, die anlässlich der Landtagswahlen am 22. November 1970 durchgeführt worden war, entschieden sich die Bevölkerungen der Gemeinden Marklkofen, Poxau und Steinberg für einen freiwilligen Zusammenschluss.
Damit war im Rahmen der Gemeindegebietsreform die erste Großgemeinde im Vilstal entstanden. Verwaltungssitz wurde der Hauptort Marklkofen. Einen Wermutstropfen in der jahrelangen kontinuierlichen Entwicklung der neuen Gemeinde gab es dann zum 1.5.1978 mit der Eingliederung in eine Verwaltungsgemeinschaft mit dem Markt Frontenhausen, wenngleich die wesentliche Selbständigkeit Marklkofens damit nicht aufgehoben war. Glücklicherweise gewann dann die Gemeinde Marklkofen zum 1.1.1980 durch eine Entscheidung der Landesregierung die beantragte Eigenständigkeit wieder zurück.
Im Mai 1986 konnte die Gemeindeverwaltung das neue Rathaus an der Bahnhofstraße beziehen.
Mit dem 1976 fertiggestellten Vilstalsee konnte man neben dem wasserwirtschaftlichen Aspekt (nämlich der Hochwasserabsicherung für den unteren Teil des Vilstales) auch den Freizeitwert erheblich steigern. Um den See entstand ein Naherholungszentrum mit Freibad, Campingplatz, Wanderwegen usw. Das umliegende, ca. 170 ha große Naturschutzgebiet erstreckt sich nördlich des Kernorts Marklkofen entlang der Vils und des Zitterbaches.
Erwähnenswert sind selbstverständlich die großen Leistungen der Gemeinde auf dem Gebiet der Infrastruktur sowie in der Daseinsvorsorge. Neben dem Ausbau eines weitverzweigten, guten Straßen- und Wegenetzes erfolgte der Anschluss an die zentrale Wasserversorgung. Nahezu alle größeren Orte und Weiler sind ferner an die Kanalisation angeschlossen. In Marklkofen werden die beiden Großbetriebe (Filterwerk und Ziegelei) ebenso mit Erdgas versorgt wie Teile des Siedlungsgebietes. Auch ein Teil der Ortschaft Poxau ist bereits an die Erdgasversorgung angeschlossen.
Im Osten von Marklkofen entstand mit der Müllumladestation (Eröffnung Februar 1994), dem Wertstoffhof und Kompostierplatz (Eröffnung September 1993) und einer Biogasanlage ein "Entsorgungszentrum". Leider wird durch die Auflösung der Bahnlinie Neumarkt-St. Veit - Marklkofen der bisher erfolgte Transport des angelieferten Hausmülls zur Müllverbrennungsanlage nach Burghausen durch die Bahn nun auf die Straße verlagert.
Das 1955 erbaute Marklkofener Schulhaus wurde 1993/94 umgebaut und erweitert. Außerdem wurde das ehemalige Rathaus renoviert und zwei weitere Klassenzimmer darin eingerichtet. Mittlerweile ist in diesem Gebäude die Nachmittagsbetreuung (Hort) für Schulkinder untergebracht. Der ursprünglich kirchlich geführte Kindergarten in Marklkofen wurde von der Gemeinde 2012/2013 saniert und erweitert und beherbergt mittlerweile zwei Kindergarten- und zwei Krippengruppen. Das ehemalige Schulhaus in Steinberg wurde in den Jahren 1994 bis 1996 zum Kindergarten umgebaut. In Jahr 2018 wurde das Gebäude komplett saniert und angebaut. Mittlerweile befinden sich drei Kindergartengruppen, zwei Krippengruppen und eine Hort-Gruppe im Gebäude. Außerdem ein großer Turnraum, welcher vom Kindergarten als auch den ortsansässigen Vereinen genutzt wird.
Der Bau von Vilsbrücken, die Unterstützung der Sportvereine von Marklkofen und Steinberg bei der Errichtung von Fußball- und Tennisplätzen sowie der Kirchenstiftung bei der Kirchensanierung waren für die, dank ihrer Industrie, gutsituierte Gemeinde eine Selbstverständlichkeit. Mit dem Stausee und den Erholungseinrichtungen, dem Naturschutzgebiet und dem Waldlehrpfad - welcher aktuell vorrangig als Platz für den Waldkindergarten genutzt wird - sowie einer namhaften Gastronomie ist die Gemeinde längst zu einem beliebten Ausflugsziel geworden.
Mussten nach dem Krieg viele Männer als Wochenendpendler nach München ausweichen, so findet ein Großteil der Bevölkerung heute in den ansässigen Betrieben oder bei der Automobilfabrik BMW im nahen Dingolfing sichere Arbeitsplätze. Das Filterwerk beschäftigt gegenwärtig etwa 2.200 Männer und Frauen. In der Ziegelei arbeiten knapp 270 Leute.
Durch den Bau der Umgehungsstraßen und die damit verbundene Anbindung der Zieglei sowie mittlerweile auch des Filterwerks an die Umgehung, konnte ein Teil des Schwerverkehrs aus der Ortschaft herausverlagert und ein weiterer Rückgang der Verkehrsbelastung durch die LkWs erreicht werden.
Heute ist die Gemeinde Marklkofen ein abgesichertes Gemeinwesen, dessen Aufwärtsentwicklung gewährleistet ist und deren Einwohner sich wohl aufgehoben und gut versorgt fühlen können.